1949年10月1日，中共在大陆建政，解放军于同年10月14日南下佔领广州市，连接香港至广州的「港穗直通车」被迫停驶。
20世纪50年代，国务院总理周恩来提出希望恢復「港穗直通车」服务，中国政府曾经跟香港政府几次商议恢復「港穗直通车」服务，但因为多种政治因素及「文化大革命」的影响，双方一直无法达成协议。
20世纪70年代末期，中国开始实行改革开放政策。1979年1月，中国政府开始派人跟香港政府接触，商议恢復「港穗直通车」服务。随后，九广铁路局主动跟广州铁路局联繫，讨论有关问题，广州铁路局便上报铁道部。
1月25日，铁道部向国务院申报《关于开行广州～九龙直通旅客列车问题的请示》文件，国务院很快就批准「积极进行直通客车的筹备工作，力争儘快开行。」并获得邓小平直接批示，接着广州铁路局开始进行準备，包括扩建广州火车站、兴建大型联检楼、候车厅，并于3月16日完成试运行。
1979年3月20日，广州铁路局与九广铁路局的代表，正式签订通车协议，当时香港总督麦理浩勋爵(Crawford Murray MacLehose)正在到北京访问，表示希望返回香港时能够乘坐「港穗直通车」的首班列车，所以双方将通车日期安排于4月4日，距离中共第11届「叁中全会」闭幕后只有103日。
当日，广州火车站举行「港穗直通车」首班列车的开行仪式，广东省和广州市领导、香港总督麦理浩爵士及香港各界人士应邀出席。上午8时20分，铁道部副部长耿振林为首发「91次」的「港穗直通车」进行剪綵。
上午8时30分，中断了30年后而正式恢復的「港穗直通车」首班列车从广州开出，首班列车由「东风3-0149号」内燃机车牵引四方厂製造的24型空调客车，列车进入香港境内的罗湖站后，由港方的带道司机指引进入香港路段，约3小时后到达九龙红磡车站。
当时「港穗直通车」每日开行往返只有一班，广州至九龙的「91次」列车于上午08时30分开出;九龙至广州的「92次」列车于下午01时开出，单程行车时间约为2小时54分鐘，每班列车载客限额640人，当时估计全年客流量约为30万人次或以上。旅客可以在广州办理出境手续后，直接乘坐火车从广州到达红磡车站，然后办理入境手续，免去了携带行李徒步走过罗湖桥的一段路程。
最初负责「港穗直通车」的乘务工作人员，均由「广深二组」(后来改称为广九客运段「广九二组」)所担任，首批48名乘务工作人员是经由广州铁路局从3000多人中挑选出来，条件非常严格，并要通过政治审查。
1979年4月15日，广州举办第45届「中国进出口商品交易会」，大多数採购商都选择乘坐「港穗直通车」往返两地。随着客流的逐渐增长，从1980～1986年间增至每日往返四班，在春节时再加开特别班次，而列车总载客量亦增至840人，直至准高速列车于1995年投入服务后，列车总载客量减至624人。
1997年，连接深圳至广州的「广深高速公路」开通后，出现了大巴的竞争，客流增长便开始放缓了。
